Wilhelm Pieller wurde am 30. September 1891 in Wien geboren. Sein Werdegang war von frühen Schicksalsschlägen geprägt: Nach dem Tod seines Vaters musste er mit nur 14 Jahren das Gymnasium verlassen. Zunächst absolvierte er einen Handelsschulkurs und arbeitete als Kontorist, doch folgte er 1909 seiner Berufung und trat in Graz in den Franziskanerorden ein, wo er den Ordensnamen Johannes Kapistran annahm.
Mit großem Ehrgeiz holte er im Franziskanergymnasium in Hall (Tirol) die Matura nach. Nach seinem Theologiestudium in Wien und Graz wurde er zum Priester geweiht. Sein Wissensdurst war damit nicht gestillt: Der Orden ermöglichte ihm ein weiteres Studium der Rechts- und Staatswissenschaften in Graz, das er 1929 mit der Promotion zum Dr. rer. pol. und Dr. iur. abschloss. 1937 folgte schließlich der dritte Doktorgrad, der Dr. theol., an der Universität Wien. Aufgrund seiner drei Doktortitel wurde er oft respektvoll als "DDDr. Pieller" bezeichnet.

Pater Johannes Kapistran war ein vielseitig engagierter Seelsorger. Er wirkte als Verbindungsseelsorger der Urverbindung Carolina, in der St. Pöltener Franziskanergemeinschaft als Gefangenenseelsorger, als Kaplan in Maria Enzersdorf und schließlich ab 1940 als Guardian des Franziskanerklosters in Eisenstadt und Rektor der dortigen Klosterschule.
Über seinen Mitbruder Frater Benno (Eduard Pumpernig) kam er mit der "Antifaschistischen Widerstandsbewegung Österreichs" (AFÖ) in Kontakt. Diese Gruppe, um den Kärntner Pfarrer Dr. Anton Granig und den ehemaligen Abgeordneten Karl Krumpl aufgebaut, verteilte regimekritische Flugschriften. Pater Johannes Kapistran unterstützte den Widerstand, indem er Flugblätter verfasste, die unter anderem in Klagenfurt verteilt wurden.

Die Gestapo schlug im Frühjahr 1943 zu und zerschlug die AFÖ. Nach der Verhaftung der führenden Mitglieder wurde auch Pater Johannes Kapistran am 23. August 1943 in Eisenstadt festgenommen. Ihm wurde zur Last gelegt, Flugschriften verfasst, 150 Reichsmark sowie zwei Revolver mit Munition übergeben zu haben.
In einem Gestapobericht wurde er als "unentwegter Staatsgegner übelster Sorte" bezeichnet. Nach monatelanger Haft in der Wiener Rossauer Lände und im Landesgericht wurde er am 11. August 1944 vom Volksgerichtshof wegen Vorbereitung zum Hochverrat und Feindbegünstigung zum Tode verurteilt. Alle Begnadigungsgesuche blieben erfolglos.

Bis kurz vor Kriegsende harzte Pater Johannes Kapistran im Todeskerker des Wiener Landesgerichts. Am 5. April 1945, unmittelbar vor dem Einmarsch der Roten Armee, begann für ihn und 40 weitere Todeskandidaten ein grausamer Fußmarsch. Aneinandergekettet – sein Mitbruder, Provinzial Angelus Steinwender, war sein Kettenpartner – wurden sie von Wien über Stockerau nach Stein an der Donaugetrieben.
Ein Augenzeuge beschrieb den Zug der "WesEN, die noch nicht tot sind und doch nicht mehr leben". Am 15. April 1945, nur wenige Tage vor der Befreiung, wurde Pater Johannes Kapistran im Hof des Gefängnisses Krems-Stein zusammen mit anderen Gefangenen von SS-Männern mit Maschinengewehren ermordet. Er wurde in einem Massengrab beigesetzt.
Pater Johannes Kapistran Pieller bleibt als mutiger Geistlicher in Erinnerung, der seine Überzeugung mit dem Leben bezahlte und sich bis zuletzt gegen die Unmenschlichkeit des NS-Regimes auflehnte.